新農村改造畜禽養殖生活污水處理設備調節池、混凝沉淀池、接觸池的污泥及柵渣等污水處理站內產生的垃圾集中消毒外運。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。

環保部認為，農村環境問題日益顯現，突出表現為工礦污染壓力加大，生活污染局部加劇，畜禽養殖污染嚴重等。

新農村改造畜禽養殖生活污水處理設備厭氧消化工藝以外，氧化塘、人工濕地也是畜禽養殖場廣泛使用的廢水處理工藝.Joy等.調查了氧化塘儲存豬場廢水40 d抗性基因的變化，ermB和ermF的豐度分別降低了50%~60%和80%~90%，而tetX和tetQ豐度的消減符合一級反應動力學模型.將氧化塘處理豬場廢水后抗性基因的去除趨勢歸為兩類，一類是相對豐度大幅降低甚至低于檢測限，包括tetB、tetL;另一類為經處理后豐度不變甚至有所提高。

包括tetG、tetM、tetO和tetX，可能因為這類基因常位于轉移原件上，在廢水中發生了基因的水平轉移.鄭加玉等采用水平流人工濕地處理豬場廢水，結果表明tetW、tetM和tetO的濃度平均去除率分別為95.73%、92.21%和95.05%;可能由于土壤對抗性基因的吸附作用，濕地土壤中抗性基因的豐度有明顯升高現象.Liu等模擬垂直流人工濕地中添加沸石研究抗性基因的消減規律，發現在HRT為30 h時豬場廢水抗性基因去除效果較好.